• Monday 13:20 -- 14:50
• 本館1階H115講義室  Main building, 1F, Lecture Room H115

CUDAを使ったプログラミングコンテストGPU Challengeが開催中です(2009/2/13申込締切)．ご興味のある方はどうぞ．

1. Introduction to Pragmatic HPC

October 6 (Mon)

• Slide

Speaker: Matsuoka

2. C Language

October 16 (Thu)

• C言語のおさらい Review of C language　(Slide No. 2-1)
• TSUBAMEスパコンを使おう  Using the TSUBAME supercomputer　(Slide No. 2-2)

Speaker: Endo

3. OpenMP Part 1

October 20 (Mon)

• Slide

Speaker: Endo

4. OpenMP Part2

November 5 (Wed)

• Slide

Speaker: Endo

5. MPI Part 1

November 10 (Mon)

• メッセージパッシングの基礎  Basic concept of message passing
• SPMDプログラミング  SPMD programming
• Slide

Speaker: Endo

6. MPI Part 2

November 27 (Thu)

• ノンブロッキング通信  Non-blocking communication
• Slide

Speaker: Endo

7. MPI Part 3

December 1 (Mon)

• MPI-2のリモートメモリアクセス MPI-2 remote memory access
• 数値計算プログラムを用いた実習  Practice with numerical computation programs
• Slide

Speaker: Endo

(cancelled) (休講)

December 8 (Mon)

Speaker: Matsuoka, Maruyama

9. CUDA Part 2

December 22 (Mon)

• CUDAにおけるスレッド・メモリ階層

Slide

Speaker: Matsuoka, Maruyama

10. CUDA Part 3

January 19 (Mon)

• 行列積・N体問題を用いたプログラム例

Slide

Speaker: Matsuoka, Maruyama

11. CUDA Part 4

January 26 (Mon)

• CUDAプログラムの高速化のための知識

Slide

Speaker: Matsuoka, Maruyama

12. Application Part 1

• Tutorial Bioinformatics Application

February 2 (Mon)

Speaker: Konishi Fumikazu

Slide

読んでおくと良い物：

• 
  " 分子生物学のためのバイオインフォマティクス入門―生物情報解析の理論とアルゴリズム",
  Joao Carlos Setubal (著), Joao Meidanis (著), 五条堀 孝 (翻訳), 遠藤 俊徳 (翻訳) pp.42-98

13. Application Part 2

February 9 (Mon)

• Manavski, SA, Valle, G (2008). CUDA compatible GPU cards as efficient hardware accelerators for Smith-Waterman sequence alignment. BMC Bioinformatics, 9 Suppl 2:S10. PMID:18387198

Speaker: Konishi Fumikazu

14. Application Part 3

>February 16 (Mon)

>Speaker: Konishi Fumikazu